見積書のA形式とB形式を見積ごとに変えることはできますか?

できます。
まず、「見積」⇒「見積設定」の「見積書 出力形式」で、会社で標準となる見積書の形式を選べます。
次に、「見積」⇒「見積書」⇒「詳細設定」の「出力形式」で個別の見積に対してのフォーマットを選んでください。
「詳細設定」のその他の設定は、見積書ごとの設定ではありませんが「出力形式」だけは、見積書ごとに設定を変えることができます。
大きな工事はA形式、小さな工事はB形式のように使い分けることもできます。