最初に見込工事を登録しなければ見積は入力できませんか?

いいえ。
見積で新しい見込工事を作成することもできますし、同時に新しい得意先を作成することもできます。
もちろん見込工事や得意先を先に登録してから見積入力をすることも可能です。