見積書をA案、B案のように二つの案の見積を出す場合にはどうしたらよいですか?

その場合には、見積Noを変えて見積作成すれば、便利です。
見積No.1にはA案で、見積No.2にはB案で作成して、二つの見積を出すことができます。
価格交渉後の再見積もりの場合には、見積No.3で見積を作成することができます。
見積Noは5つまで登録することができます。

また、同じコードに枝番号をつける方法もあります。
通常枝番号は主に追加工事などの場合に使用しますが、いくつかの案を出す見積の場合などにも使えます。
たとえば「0000000001-01:赤星邸内装工事(A案)」、「0000000001-02:赤星邸内装工事(B案)」などのように登録しておいて、どちらかの案が採用されたときに、採用されたほうの見込工事を「見込工事受注処理」で工事にすれば問題はありません。

ただ、その場合には追加工事の扱いが難しくなりますので、やはり見積No.で対応するほうがお勧めです。