一日で終わる工事と、大きな工事が混在するのですが、見積書の「出力形式」はA形式、B形式を見積書ごとに切り替えることはできますか?

はい、できます。
「見積」⇒「見積設定」⇒「見積書 印刷設定」の「見積書 出力形式」で初期値となる出力形式を選べた上で、各見積書の「詳細設定」で見積ごとに「出力形式」を選択できます。