請求書は何件まで登録できますか?

20万件まで登録できます。
また、リボンメニュー「ツール」タブ⇒「マスター設定」グループ⇒「マスター管理設定」⇒「最大件数」で原価細目の最大数を設定することができます。
少なめに設定すると、メモリ消費を抑えて、高速に動作することができます。