諸口業者コードを「999999:その他」にしたところ、新しい業者を登録する際の新規コードを自動で探さなくなりました。どうすればよいでしょうか?

表形式の入力でコードの変更をすることをお勧めします(コードの変更は容易にできます)。
「999999:その他」は「000001:その他」などにして、コードを変更してはいかがでしょうか。