部門コードに英字「abc…」などを使用できますか?

できます。
リボンメニューの「ツール」タブ⇒「マスター設定」グループ⇒「マスター管理設定」⇒「コード設定」タブの「部門⇒コード種別」で「英字、カナ、文字も使用する」のチェックをオンにします。