コード体系が変わったので、まとめてコードを変更したいのですが、可能ですか?

可能です。
工事、得意先、業者、社員、原価細目マスターであれば、「F6 表形式呼」で表形式入力に切り替えます(その他のマスターであればそのまま)。
修正したいマスターのコードを変更するだけで、コード変更が実現します。