見込工事受注処理をしたのですが、実行予算額がゼロになってしまい、発注が作成できなくなってしまいました。

その見込工事には「見積」が作成されていますか?(作成されていなければ実行予算は作成されていません)
また、「見込工事受注処理」で、「見積→予算に転送する際、割合を考慮する要素」で、金額がゼロの要素を参照していませんか。
(たとえば「原価金額」はゼロなのに、原価金額に割合を乗算するようになっているとか)
それらを再度確認してみてください。