取引先で請求書の送り先が、本社・支店それぞれある場合は、どのような運用がベストでしょうか?

取引先登録では1つの取引先に対して、2つの住所は登録できませんが、請求書ごとに住所を分けることができます。
請求書入力画面の「Shift+F11 請求情報」でその都度本社、支店住所を使い分けて入力したらいかがでしょうか。