弊社では「(1)本体増築工事」→「(2)建築主体工事」→「(3)土工事」→「(4)土留工事」→「(5)重機回送費」のように5階層で見積書を作成しますが、可能ですか?

できます。
弊社のマスターで、以下のように管理すれば可能です。

「(1)本体増築工事」⇒「第一工種」
「(2)建築主体工事」⇒「第二工種」
「(3)土工事」⇒「工種」
「(4)土留工事」⇒「作業内容」
「(5)重機回送費」⇒「原価細目」