見積りについてですが、当社の見積と予算の項目は、見積=実行予算の場合と、見積≠実行予算の2パターンがあります。運用時にはどうしたらよいでしょうか?

「見積=実行予算」の場合は、「見込物件受注処理」でそのままOKを押してもらえば、そのまま原価金額(積算額)が実行予算額になります。
「見積≠実行予算」の場合には、「見込物件受注処理」で「見積は予算には転送しない」を選んでもらってOKを押してください。
その後、他の似たような現場から実行予算をコピーして追加削除変更を行います。
また、「実行予算」のテンプレート(雛形)も持つことができるので、そこからコピーしてもらってもかまいません。