全社で統一したシステムとして導入したいのですが、営業部、経理部、工事部などでメニューを分けることはできますか?

はい、できます。
ブラックハンドのConstではログインユーザーごとにメニューを設定することができます。
ですので、営業部社員でログインすれば、「見積」、「得意先登録」などのメニューのみが表示され、工事部社員でログインすれば「工事日報」、「工事登録」などのメニューのみが表示されます。
権限によってその人に必要なメニューだけが表示されますので、人事などの個人情報を見られることもありません。