マスター登録はどの順番からやっていけばよいですか?

まずはすぐに登録できる得意先と業者から登録していくのが良いと思われます。
なぜなら得意先や業者は、すでに自社でのリストがあるはずだからです。その後、自社の社員の登録を行っていきます。
見積機能が入っていれば、その後は案件に応じて見込物件(工事)を登録することになります。
工種、作業内容、原価細目はConstの運用方針にも関わりますので、実行予算や見積書と照らし合わせて、随時入力していってもかまいません。