工程管理で、実際の進捗率と原価を別に分けて捉えることは可能ですか?

可能です。
弊社Constの場合、原価の金額は日報、請求データ、査定などで入力し、進捗率は「出来高入力」で入力することができますので、原価と進捗率を別々に捉えることができます。