見積書で原価細目を登録すれば膨大な数になり、管理できません。うまい方法はありますか?

「見積」⇒「見積設定」⇒「備考・備考2の入力位置」で、「通常は明細の末尾で、最下層だけ先頭」を選んでください。
工種、作業内容階層では備考は最後になりますが、原価細目のページでは原価細目の代わりの「項目」として備考を入力することができます。
そうすれば原価細目を登録することなく、手書きでの見積が可能になります。
原価細目別の管理をそこまで必要としない場合には、この方法をお勧めします。