見積入力において、右側の階層図が表示されなくなるようにできますか?

はい、できます。
工種の階層を入力中に、「F11 詳細設定」を押してください。
階層図(ツリー図)を「表示しない/表示する」のラジオボタンがありますので、「表示しない」を選択してください。
階層図は表示されなくなります。